Pengadilan Negeri Ende masuk dalam wilayah hukum Pengadilan Tinggi Kupang dan  dan daerah hukumnya meliputi wilayah Kabupaten Ende dengan luas wilayah kurang lebih 2.046,60 km² yang terdiri dari 21 wilayah kecamatan, 23 kelurahan,  dan 255 wilayah desa sebaran penduduk 132 jiwa/km².

Kecamatan

Jumlah
Kelurahan

Jumlah
Desa

Detukeli

13

 

Detusoko

1

20

Ende

32

 

Ende Selatan

5

-

 

Ende Tengah

4

-

 

Ende Timur

3

3

Ende Utara

4

6

Kelimutu

9

 

Kota Baru

13

 

Lepembusu Kelisoke

14

 

Lio Timur

1

12

Maukaro

11

 

Maurole

13

 

Nanga Panda

1

28

Ndona

2

12

Ndona Timur

7

 

Ndori

10

 

Pulau Ende

9

 

Wewaria

22

 

Wolowaru

1

16

Wolojita

1

5

TOTAL

23

255