Salah satu penyebab terjadinya korupsi karena adanya benturan kepentingan yang dilakukan oleh penyelenggara negara, sehingga dalam rangka menuju tata kelola pemerintahan di lingkungan Pengadilan Negeri Ende Kelas II yang bebas dari korupsi diperlukan suatu kondisi yang bebas dari benturan kepentingan. Oleh karena itu, telah ditetapkan Keputusan Ketua Pengadilan Negeri Ende Kelas II Nomor W26-U16/60/SK/2/2017 Tanggal 8 Februari 2017 tentang Pemberlakuan Pedoman Penanganan Benturan Kepentingan Pada Pengadilan Negeri Ende Kelas II yang wajib dilaksanakan oleh seluruh pegawai di lingkungan Pengadilan Negeri Ende Kelas II.
Benturan kepentingan adalah situasi dimana penyelenggara negara, memiliki atau patut diduga memiliki kepentingan pribadi, terhadap setiap penggunaan wewenang, sehingga dapat mempengaruhi kualitas keputusan dan/atau tindakannya. Kepentingan/pertimbangan pribadi tersebut dapat berasal dari kepentingan pribadi, kerabat atau kelompok yang kemudian mendesak atau mereduksi gagasan yang dibangun berdasarkan nalar profesionalnya sehingga keputusannya menyimpang dari orisionalitas keprofesionalannya dan akan berimplikasi pada penyelenggaraan negara khususnya di bidang pelayanan publik menjadi tidak efisien dan tidak efektif. Benturan kepentingan sering pula dimaknai sebagai konflik kepentingan (conflict of interest).
Satuan kerja wajib mengidentifikasi potensi situasi benturan kepentingan dengan menjabarkan situasi hubungan afiliasi dan kepentingan pribadi yang menimbulkan benturan kepentingan. ASN wajib melaporkan benturan kepentingan kepada Inspektorat sehingga dapat dilakukan analisis, pemantauan, dan evaluasi atas potensi benturan kepentingan secara berkala dan menyampaikan hasil analisis dan evaluasi kepada Ketua Pengadilan Negeri Ende Kelas II.