Pada tanggal 25 s.d. 28 September 2023, dilaksanakan Audit Kinerja Pada Pengadilan Negeri Ende oleh Bawas MARI. Audit Kinerja dilaksanakan oleh Bpk. Pratondo sebagai Ketua Tim, Ibu Nova Flory Bunda, Bpk. Arie Nur Rochmat, Ibu Dwi Wulan Indriani, dan Ibu Sari Alsaqati Ardana sebagai anggota Tim Audit Kinerja.
Tim Audit Kinerja melakukan pemeriksaan terkait penanganan dan administrasi perkara pada Pengadilan Negeri Ende. Setelah dilakukan Audit Kinerja, Tim menyerahkan temuan-temuan terkait untuk kemudian diserahkan kepada Wakil Ketua Pengadilan Negeri Ende, Bpk. Anaka Agung Ngr. Budhi Dharmawan, S,H.,M.H dan memberikan waktu 14 hari untuk menyelesaikan hasil pemeriksaan dan temuan-temuan tersebut.
