Pengadilan Negeri Ende masuk dalam wilayah hukum Pengadilan Tinggi Kupang dan daerah hukumnya meliputi wilayah Kabupaten Ende dengan luas wilayah kurang lebih 2.046,59 Km² yang terdiri dari 21 wilayah kecamatan dan 255 wilayah desa dan 23 wilayah kelurahan.
| Kecamatan | Desa | Kelurahan |
| Nangapanda | 28 Desa | 1 Kelurahan |
| Pulau Ende | 9 Desa | - |
| Maukaro | 11 Desa | - |
| Ende | 32 Desa | - |
| Ende Selatan | - | 5 Kelurahan |
| Ende Timur | 3 Desa | 3 Kelurahan |
| Ende Tengah | - | 4 Kelurahan |
| Ende Utara | 6 Desa | 4 Kelurahan |
| Ndona | 12 Desa | 2 Kelurahan |
| Ndona Timur | 7 Desa | - |
| Wolowaru | 16 Desa | 1 Kelurahan |
| Wolojita | 5 Desa | 1 Kelurahan |
| Lio Timur | 12 Desa | 1 Kelurahan |
| Kelimutu | 9 Desa | - |
| Ndori | 10 Desa | - |
| Maurole | 13 Desa | - |
| Kotabaru | 13 Desa | - |
| Detukeli | 13 Desa | - |
| Lepembusu Kelisoke | 14 Desa | - |
| Detusoko | 20 Desa | 1 Kelurahan |
| Wewaria | 22 Desa | - |