Sebagaimana halnya Mahkamah Agung RI adalah lembaga peradilan tertinggi yang merupakan peradilan yang terakhir, dan Pengadilan Negeri Ende dalam struktur organisasi yang berada di bawah naungan Mahkamah Agung, maka memiliki visi dan misi organisasi yaitu :
Visi :
Visi adalah suatu gambaran tentang keadaan masa depan yang berisikan cita-cita dan citra yang ingin diwujudkan organisasi Pengadilan Negeri Ende yang pada pokoknya sama dengan Mahkamah Agung sebagai Organisasi Induk adalah:
“TERWUJUDNYA PENGADILAN NEGERI ENDE YANG AGUNG“
Misi :
Misi adalah sesuatu yang harus diemban atau dilaksanakan sesuai visi yang ditetapkan agar tujuan organisasi dapat terlaksana dan terwujud dengan baik. Misi Pengadilan Negeri Ende adalah sebagai berikut:
1. Menjaga kemandirian Pengadilan Negeri Ende
2. Memberikan pelayanan hukum yang berkeadilan kepada pencari keadilan
3. Meningkatkan kualitas kepemimpinan di Pengadilan Negeri Ende
4. Meningkatkan kredibilitas dan transparansi di Pengadilan Negeri Ende.
