Biaya perkara adalah biaya yang wajib dibayar sewaktu mengajukan perkara ke Pengadilan Negeri Ende, yang terdiri dari :
1. Biaya Proses Perkara, adalah biaya yang dipergunakan untuk proses penyelesaian perkara.
2. Hak-hak Kepaniteraan, adalah Penerimaan Negara Bukan Pajak yang wajib di setor ke Kas Negara